현대차 계열사와 현대중공업은 1999년과 2000년 정몽구 회장의 연대 보증 채무를 해소하기 위해 현대우주항공 유상증자에 참여했고, 국세청은 "현대우주항공이 청산되자 유상증자 참여 금액을 손실처리한 것은 부당하게 조세 부담을 감소시킨 것"이라며 2007년 1월 현대자동차에 법인세 556억4863만원을 추가 부과했다.
서울중앙지법은 지난 2월 현대우주항공 유상증자와 관련, 현대차 소액주주들이 정 회장을 상대로 낸 주주대표소송에서 "정 회장은 현대우주항공에 개인적 보증채무를 지고 있는 상황에서 이를 해소할 목적으로 유상증자를 지시했다"며 "정 회장은 손해배상금 700억원을 지급하라"고 판결했다.
한편 국세청은 2007년 1월 현대모비스와 현대중공업에게도 현대차와 같은 이유로 각각 법인세 496억원과 1076억원을 추가 부과했고, 조세심판원이 이를 일부 낮춰 각각 397억원과 1006억원이 됐다. 관련 소송은 현재 서울행정법원과 울산지법에서 진행되고 있다.
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