조세지출은 성장이나 복지 등 각종 분야의 특정 정책목표를 달성하기 위한 재정정책 수단의 하나다. 하지만 남용되다 보니 효과에 비해 재정건전성을 해치는 부작용이 커졌다는 지적을 받아왔다. 게다가 조세지출은 일단 도입된 뒤에는 폐지하기 어려운 경직성을 가지고 있다. 이 때문에 일몰제가 운영되고 있으나 일몰시한이 거듭 연장되어 유명무실해진 경우가 많다. 복지수요가 확대되는 추세에 대응해 복지재정 기반을 확충하는 데도 조세지출이 걸림돌이 되고 있다는 지적도 있다.
또 하나의 측면은 부서별 한도 설정은 조세지출 총량을 관리하는 데는 도움이 되겠으나 질적 관리 차원에서는 그것만으로는 부족하다는 점과 관련된다. 조세지출에도 정책적 가치판단에 따른 우선순위가 작용하는데, 부서별 한도 설정이 그 우선순위를 왜곡시킬 가능성을 배제할 수 없다. 성과평가 제도도 항목별ㆍ부서별 평가에 과도하게 치우쳐 운영된다면 조세지출 감축의 본래 취지를 훼손할 수 있다.
우리나라의 조세지출은 저소득자보다 고소득자, 중소기업보다 대기업에 훨씬 더 많은 혜택을 주는 구조로 돼있다. 그 편중의 정도는 이명박 정부에서 더욱 커졌다. 조세지출에 대한 통제가 균형재정 조기 달성을 위한 총량관리에만 매몰되어서는 안 된다. 조세지출의 역진성을 해소하는 방향에서 성장ㆍ분배ㆍ복지를 두루 고려한 최적 통제가 필요하다.
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