"제약업종 세제지원, 일몰 탓 과감한 투자 어려워..대폭 늘려야"

충남 아산의 경보제약 무균 GMP 생산시설

[아시아경제 최대열 기자] 의약품 품질관리(GMP)를 개선하기 위한 제약ㆍ바이오기업의 시설투자에 대해 세금을 공제해주는 현행 제도가 일몰기간이 짧은 탓에 기업이 선뜻 투자하는 데 발목을 잡는다는 지적이 나왔다. 중장기적인 차원에서 기업이 과감히 투자에 나설 수 있도록 일몰기간을 대폭 늘리거나 영구화하는 방안이 필요하다는 뜻이다.

김갑순 동국대 교수는 7일 국회에서 열린 제약바이오산업 연구개발(R&D) 지원을 위한 조세제도 개선방안 세미나에서 올 연말로 끝나는 GMP 투자 세액공제제도를 손볼 필요가 있다고 주장했다. GMP 개선시설투자 세액공제제도는 국내 의약품 품질관리체계를 선진국 수준으로 끌어올리기 위해 2007년 도입된 제도로 조세특례제한법에 따라 일정 수준으로 세제지원을 받을 수 있다.

신설될 초기에는 세액공제율이 7%였다가 지금은 대기업 1%, 중견ㆍ중소기업은 각각 3%, 6% 수준이다. 정해진 기간에만 한시적으로 지원되는 일몰제도로 그간 세 차례 연장됐고 올 연말이면 끝난다. 김 교수가 국세통계연보 등을 연도별로 분석한 자료에 따르면, 세액공제제도의 일몰 직전연도까지 투자규모가 대폭 줄다가 일몰기한이 연장되면 다시 투자가 늘어나는 패턴이 2010년 이후 반복됐다. 지난 2012년, 2015년 전후 세액공제액 추이를 비교해보면 그 전해까지 줄어들다 반등하는데 이때가 연장되는 시기와 맞물린다는 얘기다.

한국제약바이오협회에 따르면 제약ㆍ바이오업종 기업의 GMP 시설에 대한 투자지출은 올해 기업당 평균 122억원, 향후 2022년까지 103억~108억원 수준이 될 것으로 집계됐다. 기업 차원에서는 시설개선을 위한 투자 결정을 내리는데 정부의 조세제도가 큰 영향을 끼치는 만큼, 일몰을 신경쓰지 않고 투자할 수 있는 여건을 마련하는 게 맞는다는 취지다. 김 교수는 "정부의 세제지원 규모와 지속가능성에 대한 불확실성을 제거해야 한다"면서 "현행 2~3년 단위의 일몰규정을 10년 이상으로 늘리거나 영구화할 필요가 있다"고 말했다.

이에 대해 전병목 한국조세재정연구원 조세정책연구실장은 "정부는 (제약 외 다른 산업에 대해서도) 시설투자에 대한 세금공제를 줄이는 추세"라며 "반도체, 자동차 등 다른 업종에서도 꾸준히 시설투자가 이뤄지는데 제약업종만 따로 공제제도를 유지해야 한다면 차별화할 수 있는 근거가 필요한 것도 사실"이라고 말했다.

이와 함께 정부가 지난 8월 확정한 세법개정안에 따라 '의약품 제조 첨단설비'에 대해 투자세액공제를 하기로 한 것을 두고서도 공제범위가 줄어들 가능성도 있다고 김 교수는 지적했다. '첨단'이라는 표현이 들어가면서 기존 규정에서라면 가능했었는데 앞으로 공제 설비범위를 축소하는 방향으로 해석할 수도 있기 때문이다.

최대열 기자 dychoi@asiae.co.kr