국세청, 코레일과 세금 불복소송서 최종패소…법인세 약 1조 돌려준다

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[아시아경제 김형민 기자] 국세청이 한국철도공사(코레일)과의 세금 불복소송에서 패해 약 1조원 규모의 법인세를 돌려주게 됐다.

3일 법조계에 따르면, 대법원은 지난달 30일 코레일이 국세청을 상대로 낸 법인세경정거부처분취소소송에서 코레일의 전부승소 판결했다. 이 사건 상고심은 2016년 11월 접수돼 대법원이 2년 간 심리한 끝에 이번에 결론이 났다. 이번 판결에 따라 국세청은 국세 약 9000억원 등 1조원 가량을 코레일에 돌려줘야 한다.

코레일은 2005년 정부가 추진하는 '용산국제업무지구' 개발사업에 참여하는 과정에서 용산 철도차량기지 사업부지를 2007~2011년 5차례에 걸쳐 사업시행사 '드림허브프로젝트'에 약 8조원에 팔았다. 용산국제업무지구 개발사업은 당시 건설교통부에 의해 계획이 수립된 약 31조원 규모의 초대형 도심개발 사업이었다. 이후 코레일은 이 토지 매각에 대한 법인세 약 9000억원을 국세청에 납부했다.

하지만 2013년 4월 정부의 용산 개발사업이 백지화됐고 코레일은 사업시행사의 의무위반을 이유로 토지 매매계약도 해지했다. 이에 따라 코레일은 국세청에 세금을 다시 돌려달라며 경정청구를 냈지만, 국세청이 받아들이지 않았다. 이에 반발한 코레일은 국세청의 법인세 경정거부처분을 취소해달라는 행정소송을 제기했다.

1ㆍ2심은 코레일의 경정청구권 행사가 적법하다고 보고 국세청 측의 거부처분을 취소하라는 판결을 내렸다. 대법원도 판단은 같았다. 재판부는 "원심이 법인세법상 손익의 귀속시기, 기간과세원칙, 기업회계 적용, 후발적 경정청구사유 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다"고 했다.

김형민 기자 khm193@asiae.co.kr