하지만 서울시는 매년 운영손실금의 90% 가량을 보전해 주고 있다며 500원 인상은 전혀 검토한 바 없다는 입장이다. 시는 9호선 측의 요금 인상 발표를 철회하라는 행정명령을 내리는 한편 요금을 올려 받을 경우 철도면허를 취소하거나 사업자 지정을 취소할 수도 있다는 강경 태세다.
문제는 이 같은 갈등이 구조적으로 언제든 다시 불거질 수 있다는 점이다. 서울시와 9호선 측이 맺은 '최소운영수입보장(MRG)'제 때문이다. 9호선 건설 당시 민자를 유치하기 위해 30년 간 적자가 생길 경우 그 일부를 시에서 메워주기로 한 것이다. 실제로 시는 2009년 142억원, 2010년 322억원, 지난해 250억원 등 모두 710억원 가량을 지원했다. 따라서 9호선 측이 적자가 쌓인다는 이유로 언제고 요금 인상을 들고 나올 가능성이 크다.
요금을 올리면 직접적으로 시민의 주머니에서 돈이 나가고, 요금을 묶으면 9호선 운영비 부족분 등을 시민이 낸 세금에서 채워줘야 하는 셈이다. 구조적인 문제점을 해결하지 않고서는 세금은 세금대로 허투루 쓰이고 시민은 시민대로 비싼 요금을 부담해야 하는 것이다.
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