R&D세액공제 국세청 '사전심사'…과소신고 가산세 면제

[아시아경제 세종=김혜원 기자] 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 내국법인과 개인사업자는 국세청의 사전심사를 신청할 수 있다. 납세자는 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고하면 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외된다. 세무조사 등으로 심사 결과와 다르게 과세 처분이 되더라도 과소신고 가산세를 면제받는다.

국세청은 30일 올해 3월 법인세(소득세) 신고 전까지 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 신청해 결과 통지를 받은 경우 심사 결과가 신고에 즉시 반영된다고 밝혔다.

사전심사는 연중 상시 신청 가능하다. 법인세(소득세) 신고 후에는 세액공제 신고 누락분에 대해 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 사전심사를 신청할 수 있다.

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도는 무엇?

연구·인력개발비 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세 지원 제도다.

연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동 여부, 공제 대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세 관청 간 이견이 종종 발생한다. 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있어 주의를 요한다.

세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 것이 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도로, 2020년부터 시행 중이다. 사전심사 신청 건수는 2020년 1547건에서 2021년(2332건), 2022년(2439건) 등 늘고 있다.

연구·인력개발을 위해 기업이 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

국세청은 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다. 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발에 해당하는지 여부, 신청인이 지출한 금액이 조특법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부를 따져보는 것이다.

예를 들어 산업용 동력장치 개발 관련 시제품을 만드는 A사가 원자재 구매비용 OO억원을 재료비로 분류해 세액공제를 신청했는데, 국세청은 이 비용에 시제품 재료비와 양산품 재료비가 혼재돼 있음을 확인했다. 이에 양산품 생산에 사용된 비용 O억원은 세액공제 대상 재료비로 불인정했다. 세액공제 대상 재료비는 전담부서 등 연구개발 서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류 구입비로 한정돼 있기 때문이다.

사전심사 혜택은?

신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세(소득세)를 신고한 경우 크게 2가지 혜택이 있다.

사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외된다. 사업자의 신고내용 중 특정 항목의 오류 또는 누락 혐의에 대해 서면으로 해명 및 수정신고를 안내해 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무나 사후 법적의무의 이행 여부를 서면 또는 현장 확인 방법으로 관리하는 제도 등에서 배제되는 것이다.

추후 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세 처분되더라도 가산세가 붙지 않는 혜택을 받을 수 있다.

국세청은 "올해는 우편·방문 접수만 가능했던 보완 서류를 홈택스를 통해 제출할 수 있도록 했고, 사전심사 진행 상태를 신청자가 조회할 수 있는 전산 화면을 개발하는 등 편의성을 강화했다"고 설명했다.

세종=김혜원 기자 kimhye@asiae.co.kr