“기준 모호·구시대적”…기업 R&D 지원 제도 ‘개선’ 목소리 높다

한국산업기술진흥협회, 설문 조사 결과

기업 연구개발(R&D) 관련 자료 사진. 기사와 관련이 없음.

[아시아경제 김봉수 기자] “기업이 연구개발(R&D)로 보는 활동을 세무 당국은 아니라고 판단한다. 적용 기준이 모호하다. 그래서 지금은 일부 연구직원들에 대해서만 적용받고 있다.”(A사 R&D 담당 직원)

정부가 기술 혁신 투자를 촉진하기 위해 기업들을 대상으로 R&D 투자금에 대한 세액 공제 제도를 실시하고 있지만 일부 기업들은 과도한 증빙 서류, 기준의 모호함, 불충분한 정보 등 불편을 호소하고 있는 것으로 나타났다.

22일 한국산업기술진흥협회에 따르면, 지난 1월25일부터 2월26일까지 R&D 조직을 보유한 기업 1978개를 대상으로 설문조사를 실시한 결과 20.8%(411개사)가 정보부족, 제출서류 부담 등으로 R&D 세액 공제 제도 활용이 어렵다고 응답했다. 이 중 사유 별(복수 응답)로는 정보부족이 68.4%(281개사)로 가장 많았고, 정보 부족(17.1%ㆍ48개사), 증빙 서류 및 절차의 부담(24.5%ㆍ101개사)을 호소하는 기업도 있었다.

실제 B사의 R&D 담당 부서 직원은 “개발 기록이 전산으로 관리되는데, 증빙자 료를 서류로 제출하라는 요구를 받았다. 개선이 필요하다”고 호소했다. C사 R&D 담당 직원도 “너무 광범위한 자료를 제출하라는 요구를 받았다. 행정적 비용이 너무 크다는 생각에 세액공제 신청을 하지 않고 있다”고 불평했다.

2020년부터 시행하고 있는 'R&D세액공제 사전심사제'도 필요성에 공감하면서도 보완이 필요하다고 지적했다. 응답기업 중 1096개사(55.4%)가 사전심사제도에 대해 알고 있다고 응답하였고, 이 중 169개사만(15.4%)가 이를 활용했다. 사전심사제도를 활용하겠느냐는 질문에 대해서는 50.1%(991개사)가 활용할 의사가 있다고 응답한 반면, 신청하지 않거나 판단을 보류한 경우는 49.9%(987개사)로 나타났다. 사전심사제도를 활용한 기업(169개사) 중 49.1%는 활용에 애로를 겪었으며 개선이 필요하다고 응답했다. 구체적으로 심사과정에서 추가 증빙서류 요청(45.8%)과 명확하지 않은 세액공제 적용기준(31.3%) 등을 개선 사항으로 꼽았다.

정부는 1982년부터 기업이 R&D에 투자하는 비용의 일정비율을 법인세 혹은 소득세에서 감면해주고 있다. 전 세계적으로 33개국(2020년 기준)이 민간의 R&D투자를 촉진하는 중요한 제도로 활용하고 있다. 우리나라는 2019년 현재 3만4122개사가 2조2000억 규모(법인 기준)의 세액 감면 혜택을 받았다. 2020년부터는 기업을 대상으로 연구소ㆍ전담부서에서 지출한 연구개발비에 대해 R&D세액공제(조특법 제10조) 해당여부를 미리 살펴 보는 '사전심사제도'도 시행 중이다.

김상길 산기협 전략기획본부장은 "과기부와 함께 기업연구소 보유기업이 R&D조세지원제도를 활용하면서 제도의 취지를 정확하게 이해하고 적격 여부를 스스로 판단할 수 있도록 2019년부터 연구개발활동 가이드라인을 제작하고 있다"며 "기업이 가이드라인을 통해 R&D조세지원에 대한 이해도를 제고하고 원활한 제도 활용을 할 수 있도록 노력하겠다"고 말했다.

김봉수 기자 bskim@asiae.co.kr