대기업 R&D 증가분 세액공제 30%→25%로 축소…中企·중견기업은 '지원'

[아시아경제 이지은 기자]대기업의 기술개발(R&D) 비용 증가분에 대한 세액공제 폭이 30%에서 25%로 축소된다. 반면 코스닥 상장 중소기업의 경우 25%~40%의 세액공제를 받게 되고, 중소기업이 사회보험에 신규가입할 경우 상당액의 50%를 공제해 준다.

기획재정부는 지난 1~2일 세입예산부수법률안 중 10개 세법개정안이 국회 본회의를 통과했다고 5일 밝혔다. 이들 법안은 기획재정위 합의사항을 반영한 것으로, 대부분 내년부터 시행된다.

본회의 통과안은 기존 정부안보다 대기업에 대한 조세 혜택을 줄였다. 대기업 R&D 비용에 대한 세액공제율은 당기분의 경우 정부안(1~3%→0~2%)을 유지했지만, 증가분의 경우 공제율을 정부안(30%)보다 낮은 25%로 수정했다. 대기업?R&D 비용?세제지원을 합리화한다는 이유에서다.

대신 중소·중견기업에 대한 조세 감면 혜택은 늘렸다. 정부안에는 중소기업의 신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제율을 30%에서 30~40%로 인상하는 내용만 담겼지만, 국회에서는 코스닥 상장 중견기업의 신성장 R&D 세액공제율 인상(25~40%) 조항을 더 끼워 넣었다.

엔젤투자 소득공제에 대해서도 공제 기준을 기존 1500만원 이하에서 3000만원 이하로 상향조정하고, 3000만원 초과 5000만원 이하분에 대한 소득공제율을 기존 50%에서 70%로 상향했다.

벤처기업 핵심인재 유입을 위해 내년부터 2020년 12월 31일까지 부여받은 주식매수선택권을 행사할 때의 이익에 대해서는 연간 2000만원 한도에서 비과세하기로 했다.

또 벤처·창업기업 근로자가 우리사주조합원에 출자할 경우 출자금에 대한 소득공제 한도를 현행(400만원)보다 높은 1500만원으로 수정했다.

지방 중소기업이 상시근로자 1인을 추가 고용할 경우 공제해주는 금액을 기존 700만원에서 770만원으로 10% 상향 조정하고, 청년정규직·장애인 고용시에도 기존 1000만원에서 1100만원으로 상향했다.

중견기업 핵심인력 성과보상기금(내일채움공제)에 가입한 중소기업 근로자의 소득세를 50% 감면해줄 뿐만 아니라, 중견기업 근로자(30%) 소득세 역시 감면해주는 내용을 수정안에서 추가했다.

비정규직을 정규직으로 전환한 중소기업의 세액공제를 확대(700만원→1000만원)할 뿐만 아니라, 중견기업의 세액공제액 역시 기존 정부안(500만원)보다 늘어난 700만원으로 높였다. 고용유지기간은 1년에서 2년으로 늘렸다.

중소기업들이 사회보험에 신규 가입할 경우 2년간 사회보험료도 공제해 준다. 공제금액은 2년간 사회보험료 상당액의 절반(50%)에 달한다. 이는 중소기업의 사회보험 가입 유인을 제고하기 위한 것으로, 내년 1월 1일 이후 사회보험에 가입하는 분부터 적용된다.

중소기업 취업근로자에 대한 세제지원 기간을 3년에서 5년으로 연장키로 한 정부안의 경우, 기존 3년 안을 유지하되 일몰기한 도래시 제도를 개선키로 했다.

중소기업이 공장을 이전할 때의 과세특례 대상도 확대, 기존 정부안(10년 이상 운영한 공장 이전)뿐만 아니라 3년 이상 운영한 공장을 동일 산업단지 내로 이전하는 경우에도 과세특례를 주기로 했다.

개인종합자산관리계좌(ISA)의 세제혜택은 조정했다. 정부안에서는 비과세 한도금액을 200만원에서 300만원으로 올리려 했지만 국회에서는 현행을 유지토록 했다. 또 정부는 서민형과 농어민의 비과세 한도금액도 기존 250만원, 200만원에서 각각 500만원으로 높이려 했지만 국회에서는 이를 400만원으로 하향조정했다.

중산층과 서민에 대한 월세세액공제율은 소득에 따라 차등 인상키로 했다. 총급여액 7000만원 이하의 무주택 근로소득자에 대해 일괄 10%에서 12%로 올리려던 정부안을 고쳐 총급여가 5500만원 이하면 12%를, 총급여 5500만원 초과 7000만원 이하의 경우 10%를 적용키로 한 것이다.

또 내년 1월 1일부터 종교인 과세를 실시하기로 함에 따라, 종교인소득에 대해서도 근로·자녀장려금을 적용키로 했다.

전기자동차에 대한 개별소비세 감면한도는 정부안(200만원)보다 높은 300만원으로 수정됐고, 일몰기한도 2019년 말에서 2020년 말로 1년 늘어났다.

평창올림픽 개최를 앞두고 외국인 관광객 유치를 위해 내년 한 해 동안 외국인 관광객의 국내호텔 숙박요금에 대한 부가가치세를 환급해 주되, 외국인 관광객의 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급 적용기한은 2019년 말에서 내년 말로 단축했다.

부동산 임대가 주업인 법인이 성실하게 신고할 경우, 성실신고 확인비용 세액공제(60%) 한도를 확대한다. 개인사업자는 100만원에서 120만원으로, 법인사업자는 100만원에서 150만원으로 한도가 늘어난다.

세관공무원에게 금품을 건넬 경우, 공무원 뿐 아니라 건넨 사람도 처벌받게 된다. 직무와 관련해 금품을 받은 세관공무원에 대해서는 받은 금액의 5배 내의 징계부가금 부과를 징계위원회에 요구할 수 있으며, 금품 공여자도 금품 상당액의 2~5배에 달하는 과태료를 내야 한다.

한편 기재부는 초(超)고소득자와 초대기업에 대한 증세를 담은 소득세법 및 법인세법 개정안은 본회의 통과 후 추가로 보도자료를 배포할 예정이다.

이지은 기자 leezn@asiae.co.kr