약가제도를 뜯어 고치는 근본 이유는 건강보험 재정지출 중 약품비가 차지하는 비중이 29%로 매우 높기 때문이다. 또 제약사들이 의사에게 리베이트를 주는 것은 약값에 거품이 많다는 증거이므로, 이를 현실화 해 건보재정을 건전화 하겠다는 것이다. 하지만 기초수액이나 초저가 의약품, 채산성은 낮지만 반드시 판매돼야 하는 '퇴장방지의약품' 등은 약값을 깎지 않으므로, 의약품 공급대란이 일어날 이유도 없다. 정부는 이 제도를 도입함으로써 제약회사들의 구조조정을 유도하고 인수합병(M&A)을 통해 규모의 경제도 실현할 수 있다고 전망한다. 긴 역사에도 불구, 영세성을 면치 못하고 있는 우리 제약산업이 장기적으로 체질을 강화할 계기가 될 것이란 주장이다. 당장 수익이 줄어들 제약회사들은 극렬 반대하고 있다. 의약품 관련 연구소나 전문가 중 일부도 반대의견을 낸다. 일단 약가인하폭이 너무 커, 우리나라 제약산업이 감당할 수 없다고 한다. 한국제약협회는 이미 진행되고 있는 다양한 약가인하 제도의 피해를 감안해, 2014년부터 단계적으로 약값을 깎는 게 어떠냐고 제안했다. 이번 약가인하로 12조원 보험의약품 시장은 10조원 대로 축소될 전망이다. 이는 고스란히 제약사 인력 감축으로 이어질 것이란 우려가 팽배하다. 또 한미FTA의 대표적 피해업종이 제약산업인 상황에서, 산업기반이 흔들리게 될 것이란 주장도 많다. 투자 여력을 잃은 제약산업은 신약개발 등 연구활동을 포기하게 되고, 이는 미래 먹거리로서의 BT산업을 퇴화시키는 결과를 초래할 것이라고 제약업계는 주장한다.

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