대법 "농업경영체 등록확인서 없어도 법인세 면제 가능"

재판부 "요건 충족한다면 법인세 면제 거부 안 돼"

영농조합법인이 농어업경영체 등록확인서를 제출하지 않았더라도 관할 세무서가 법인세 면제를 거부할 수 없다는 대법원 판단이 나왔다.

대법원 2부(주심 민유숙 대법관)는 A영농조합법인이 이천세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소 소송을 원고 패소로 판결한 2심을 깨고 사건을 수원고법에 돌려보냈다고 17일 밝혔다.

A법인은 2015년과 2016년 사업연도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법에 근거해 식량작물 재배업 소득 등에 대한 법인세 면제를 신청했다. 농어업경영체로 등록된 법인은 식량작물 재배업 소득에 부과되는 법인세를 면제받을 수 있다. 다만 농업경영체 등록확인서를 관할 세무서에 제출해야만 세제 혜택을 받을 수 있다.

이천세무서는 A법인의 농업경영체 등록확인서가 제출되지 않은 것을 확인하고 2018년 3월 가산세를 포함해 약 3억6000만원의 법인세를 부과했다. 이에 A법인은 조세 심판을 청구했으나 기각되자, 소송을 제기했다.

1·2심은 "농어업경영체법에 따른 영농조합법인이 식량작물 재배업 소득 등에 대해 법인세를 면제받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 제출해야 한다"며 원고 패소로 판결했다.

하지만 대법원은 등록확인서를 제출해야 한다는 규정이 협력의무에 불과하다고 봤다. 재판부는 "법인세 면제 요건을 충족한다면 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 해서 법인세 면제를 거부할 수는 없다"고 판단했다.

허경준 기자 kjune@asiae.co.kr