"제약산업 세제지원..불확실성 걷어줘야 투자"

의약품 품질관리 세액공재 일몰 여부 따라 투자규모 들쑥날쑥
지속적 투자 의사결정 위해 일몰 규정 10년·영구화 필요 주장
他산업 형평성 고려 차별화 근거 필요..신중 접근해야 의견도

[아시아경제 최대열 기자] 제약ㆍ바이오기업의 시설투자에 대해 세금을 공제해주는 현행 제도가 일몰기간이 짧은 탓에 기업들의 적극적 투자를 가로막는다는 지적이 제기되고 있다. 호흡이 긴 제약산업의 특성을 감안해 중장기 차원에서 기업이 과감히 투자에 나설 수 있도록 일몰제를 없애거나 기간을 대폭 늘릴 필요가 있다는 뜻이다.

◆업계 "시설투자 세액공제 확대해야"= 12일 한국제약바이오협회에 따르면 국내 제약ㆍ바이오 기업의 의약품 품질관리(GMP) 시설에 대한 투자지출은 올해 기업당 평균 122억원, 향후 2022년까지 103억~108억원 수준이 될 것으로 집계됐다. 조세특례제한법에 따라 의약품 품질관리를 개선하는 시설투자에 대해서는 기업 규모에 따라 적게는 1%, 많게는 6%까지 세액공제를 받는다.

과거 2007년 한미 자유무역협정(FTA) 타결로 개방 효과를 높이고 국내 의약품 품질관리체계를 선진국 수준으로 강화할 필요가 있다는 지적에 따라 도입된 제도다. 올 연말을 기점으로 일몰을 앞둔 가운데 정부는 지난 8월 확정한 세법개정안에서 '의약품 제조 첨단설비'를 세액공제 대상으로 추가했다. 일몰기간이 2년 늘어난 셈이다.

GMP 세액공제 제도가 시작된 후 적용받는 기업이 대체로 늘어나는 추세이지만 일몰 여부에 따라 투자 규모가 오르락내리락하는 만큼 일몰기간을 대폭 늘릴 필요가 있다는 주장이 나온다. 연도별 국세통계연보를 보면 2009년 GMP 개선시설 투자세액공제를 받은 법인은 27곳에 금액은 99억3900만원으로 집계됐다. 이듬해 150억원가량으로 늘었으나 다시 2년 후에는 62억원 정도로 줄었다.

그러다 다시 2013년 136억원, 이듬해 183억원으로 증가했다가 다시 135억원으로 줄었다. 일몰ㆍ연장 시기와 맞물려 투자 규모가 들쑥날쑥한다는 뜻이다. 김갑순 동국대 교수는 최근 국회에서 열린 세미나에서 "투자세액공제 연도별 변화율을 분석해보면 세액공제제도의 일몰 직전 연도까지 투자 규모가 대폭 줄어들다가 일몰기한이 연장되면 다시 투자 규모가 늘어나는 현상이 반복되고 있다"면서 "지속적 투자 의사결정이 가능하도록 정부의 세제지원에 대한 규모와 지속가능성에 대한 불확실성을 없앨 수 있도록 일몰규정을 10년 이상 혹은 영구화할 필요가 있다"고 말했다.

◆세제지원 형평성 고려해야 한다는 시각도= 제약산업의 특성을 감안할 필요는 있지만 세제지원인 만큼 여타 다른 산업과의 형평성을 고려해 신중히 접근해야 한다는 지적도 있다.

전병목 한국조세재정연구원 조세정책연구실장은 "정부는 (제약 외 다른 산업에 대해서도) 시설투자에 대해서는 세금공제를 줄이는 추세"라며 "반도체, 자동차 등 다른 업종에서도 꾸준히 시설투자가 이뤄지는데 제약업종만 따로 공제제도를 유지해야 한다면 차별화할 수 있는 근거가 필요하다"고 말했다. 제약산업의 경우 연구개발(R&D) 집중도가 높은 편이긴하나 정부 재정을 통한 추가 R&D 효과는 상대적으로 떨어진다는 분석도 덧붙였다.

개발주기가 긴 데다 불확실성이 큰 업종 특성을 감안한 세제지원이 필요하다는 지적도 있다. 현행 기술수출이나 이전에 대한 과세특례제도의 경우 중소ㆍ중견기업에 대해서만 법인세나 소득세를 25~50% 감면해주고 대기업은 해당되지 않는다.

통상 제약바이오산업의 기술거래가 대학이나 공공기관, 중소기업이 개발하거나 착수한 기술을 제약ㆍ바이오 대기업이 이전받아 추가로 연구개발해 다시 다국적 제약사에 대여하는 게 일반적인 걸 감안하면 중소ㆍ중견기업에만 감면해주는 제도의 실효성이 떨어진다는 얘기다.

대기업의 R&D 투자를 독려하기 위해 대기업도 선정되는 혁신형 제약기업까지 감면제도를 받을 수 있게 한 법 개정안이 발의돼 있다. 김종균 유한양행 R&D전략실장은 "혁신형 제약기업에 선정되더라도 국책연구사업 공모 시 가산점을 받는 것 외에는 체감할 만한 게 많지 않은 만큼 기술력을 인정받는 혁신형 제약기업에 대한 세제지원은 적절한 방안이라고 본다"고 말했다.

최대열 기자 dychoi@asiae.co.kr