[走进LAB]以韩国松树“Jeongipumsong”为对象成功破译松树标准基因组

by Yeom Dayeon

Published 25 Oct.2024 12:00(KST)

首尔市立大学环境园艺学科 Kim Seungil 教授研究团队

首尔市立大学环境园艺学科研究团队在Kim Seungil教授带领下，构建了反映单倍体基因型信息的赤松标准基因组，并发布了关于超大基因组进化过程及单倍体之间遗传差异的研究结果。

首尔市立大学环境园艺学科 Kim Seungil 教授研究团队【图片出处首尔市立大学提供】

本次研究由Kim Seungil教授担任通讯作者，Jang Minjeong博士和Cho Hyejeong博士担任第一作者。同时，该研究作为与国立林业科学院的联合研究开展，由Park Eungjun博士共同担任通讯作者。研究获得韩国研究财团新进研究支援项目、农林畜产食品部数字育种转化技术开发项目、林业厅森林科学技术开发项目的资助。

这是裸子植物中首次构建赤松单倍体水平标准基因组，并以单倍体为基础尝试探索野生个体遗传变异的研究案例。研究团队基于单倍体基因型信息，对赤松基因组变异进行了详细分析，阐明了在超大基因组进化过程中产生的遗传差异。

尤其是在阐释赤松属物种分化过程中，基因组重排以及重要功能性转录因子的进化作用方面，被评价为作出了重要贡献。研究结果以“Haplotype-resolved genome assembly and resequencing analysis provide insights into genome evolution and allelic imbalance in Pinus densiflora”为题，于上月20日在线发表于学术期刊《自然·遗传学》（Nature Genetics）。

大多数植物以由两对单倍体组成的二倍体形式存在，其中一对来自母本，另一对来自父本。研究团队以韩国具有象征意义的赤松“Jeongipumsong”为对象，利用最新的基因组组装方式——“分相（Phasing）技术”，构建了总计达21.7千兆字节（GB）的两套高质量单倍体基因组，相当于人类基因组规模的7倍以上。