논문 베끼고·연구원 허위 등록…국세청, R&D 부당공제 기업에 270억원 추징

2024년 864개 기업 적발…2021년 대비 10배 늘어

타인 논문을 베껴서 제출하거나 연구원을 허위등록한 뒤 부당하게 연구개발(R&D) 세액공제를 받다가 국세청에 적발돼 추징한 세금이 최근 3년 새 10배 증가한 것으로 나타났다.

국세청은 연구개발 관련 각종 신고자료와 인터넷 등을 통해 수집한 현장정보를 종합해 연구?인력개발비 부당공제 혐의를 정밀 분석·검증한 결과 지난해 864개 기업을 적발하고 270억원을 추징했다고 20일 밝혔다. 이는 2021년(27억원) 대비 약 10배 증가한 수치다.

국세청은 연구·인력개발비 세액공제에 대한 부당공제를 방지하기 위해 매년 사후관리를 실시하고 있다. 하지만 연구개발 활동은 하지 않고 허위 연구소를 설립해 부당하게 세액공제 받는 등 제도를 악용한 조세회피 행위가 근절되지 않고 있다.

이에 국세청은 2023년부터는 연구·인력개발비 세액공제 업무를 전담하는 본청의 전문심사관과 지방청 전담팀이 그동안 과세 사각지대에 있던 연구개발 활동을 집중 검증해 지난해 364개 기업에 대해 116억원을 추징했다. 국세청에 따르면 A기업은 타인의 논문을 복제·인용하고 수치나 사진을 단순 변형·모방해 실제 연구개발을 수행한 것처럼 가장했다. 컨설팅 업체가 연구개발 활동을 하지 않은 기업의 연구노트 등 연구 증거서류와 사후관리 과정에서 해명자료를 대리 작성해 주거나, 부당공제가 적발되자 컨설팅 대금을 환불해 주는 불법 컨설팅 정황도 국세청에 포착됐다.

이와 함께 국세청이 고율의 공제가 적용되는 신성장·원천기술 및 국가전략기술 세액공제 법인을 전수 분석하고 면밀히 검증한 결과, 일반 연구개발 공제율 대신 높은 공제율을 적용한 69개 기업의 과다공제세액 62억원을 추징했다. 또 연구개발 활동에 대한 검증 외에도 과기부 등 관계부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나, 연구소 인정 취소된 기업 등에 대한 자료를 수집·분석한 후 검증해 178개 기업에 대해 30억원을 추징했다.

국세청은 악의적인 부당공제에는 엄정히 대응하는 한편, 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 안심하고 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 지원하고 있다. 국세청 관계자는 "사전심사 제도를 통해 적정 여부를 사전에 확인할 수 있으니 법인세 신고(3월 말)와 소득세 신고(5월 말) 전에 가급적 빨리 사전심사를 신청해 도움을 받길 바란다"며 "연구·인력개발비 세액공제 제도를 불법적으로 악용해 국가재정의 건전성을 저해하고, 공정과세 실현을 방해하는 부당한 세액공제에 대해서는 강력하게 대처하겠다"고 말했다.

세종=주상돈 기자 don@asiae.co.kr