감사원은 금융감독원의 전자공시시스템에 공시된 256개 법인의 주식(주주) 관련 공시내용을 분석·조사한 결과 이같은 사실을 적발하고, 행안부 장관에게 국세기본법 규정에 따라 국세청에서 법인으로부터 법인세 신고 시 제출받아 관리하고 있는 '주식변동상황 명세서'를 전국 지방자치단체에서 활용할 수 있도록 지방세 과세자료 수집 및 활용 시스템 구축 등의 방안을 마련할 것을 통보했다고 8일 밝혔다.
감사결과 비상장 법인에서는 주식을 발행한 후 '주식변동상황 명세서'를 법인세 신고시 관할 세무서에 제출할 뿐 지방세 징수권자인 관할 시장·군수·구청장에게는 주식이동에 관한 내용을 신고하거나 제출하지 않고 있어, 각 시·군·구에서는 과점주주 자격을 가진 자가 생기거나 과점주주의 지분이 증가하더라도 취득세 등을 자진신고하지 아니할 경우 그 변동내용을 알기 어려운 실정이다.
또한 각, 시·군·구에서 관내법인에 대한 세무조사를 하고 있으나 조사대상 법인 수가 전체 법인의 일부에 불과한 등으로 과점주주에 대한 취득세를 부과하는 데 어려움을 겪고 있지만 행안부는 국세청과 협조해 지방세 과세자료 수집 및 활용시스템을 구축하는 방안을 마련하지 않고 있다.
감사원 감사기간 중 금융감독원에서 운영하고 있는 전자공시시스템에 공시된 비상장 법인의 사업보고서(다른 법인 출자현황 등), 감사보고서(재무제표 및 재무제표에 대한 주석 등), 다른 법인 주식 및 출자증권 취득결정공시 등 주식(주주)과 관련된 공시정보를 통해 과점주주에 대한 취득세 부과실태를 점검한 결과, 조사대상 총 256개 법인 중 과점주주에 대한 취득세 부과대상은 63.7%에 해당하는 163개 법인으로 그중 82개 법인은 과점주주가 자진 신고했거나 직권으로 부과된 반면, 81개 법인의 과점주주는 자진신고를 하지 않았고, 그 가운데 당해 법인에서 보유한 자산이 없거나 부도 등으로 자산명세를 확인할 수 없는 25개 법인을 제외한 56개 법인의 과점주주에 대해서는 올 4월 14일 현재 취득세 등 총 85억400만여 원을 추징하지 못하고 있는 것으로 확인됐다.

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